宏基因組二代測序，你了解多少？

宏基因組二代測序（mNGS）是一項覆蓋病原譜廣且高通量的檢測技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對于血液病患者，病原mNGS通過對樣本快速高通量測序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對無偏倚的病原信息，對病原診斷起到積極的作用，尤其對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測未覆蓋到或檢測周期較長、陽性率較低的病原可提高檢出率。對于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測，病理、無菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測的有力補充和延展而非替代。病原mNGS的報告解讀應(yīng)充分評估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進行綜合判斷。 二代測序讀長方面比一代測序短很多。上海嘉安健達二代測序公司

二代測序——基因組測序該測幾個G？②

人類全外顯子組測序

人類全外顯子組*占基因組的1%-2%，大小約為30M-60M左右，但通常需要較高的測序深度來確保外顯子區(qū)域的變異檢測準(zhǔn)確性，一般測序深度在100X-200X之間，數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域，能夠高效地檢測出與疾病相關(guān)的基因突變，常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。

動植物基因組測序

常見動植物：對于一些常見的動植物物種，如水稻、小鼠等，其基因組大小與人類基因組相近或更小。全基因組測序時，測序深度一般在10X-30X左右，數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進行重測序或特定性狀相關(guān)的研究，測序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。

復(fù)雜基因組的動植物：部分動植物的基因組較大且復(fù)雜，例如某些魚類、植物的多倍體物種等，其基因組大小可能達到數(shù)G甚至數(shù)十G。對于這類物種的全基因組測序，測序深度可能在5X-10X左右，數(shù)據(jù)量也會因基因組大小而異，從幾十G到數(shù)百G不等。 蘇州哪里有二代測序檢測二代測序可以應(yīng)用在哪些方面？

二代測序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③

孕婦及胎兒

優(yōu)勢：無創(chuàng)產(chǎn)前篩查（NIPT）是二代測序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用，對于唐氏綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測準(zhǔn)確率分別能達到95%、85%、75%以上，明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。

局限性：孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細胞，可能與胎兒實際情況不一致，導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病、凝血功能障礙等，會使外周血中游離DNA含量過高，掩蓋胎兒來源的游離DNA，造成假陰性510.

關(guān)于二代測序的簡介：

二代測序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測序技術(shù)，是一種能夠同時對數(shù)百萬甚至數(shù)十億個 DNA片段進行測序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測序相比二代測序技術(shù)具有高通量、高準(zhǔn)確性、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢。

二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時，大幅度的降低了測序成本，保持了高準(zhǔn)確性，以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間，而使用二代測序技術(shù)則需要1周，但其序列讀長方面比起一代測序技術(shù)則要短很多，大多只100bp-150bp。

二代測序的優(yōu)勢是高準(zhǔn)確性。

一代、二代、三代測序的區(qū)別分別是什么？

一代測序是上世紀(jì)70年代由Sanger和Coulson開創(chuàng)的DNA雙脫氧鏈終止法測序，也稱為Sanger測序。

二代測序技術(shù)(NGS)是為了改進一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的，能夠同時對上百萬甚至數(shù)十億個DNA分子進行測序?qū)崿F(xiàn)了大規(guī)模、高通量測序的目標(biāo)。

三代測序主要有兩種技術(shù)PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的納米孔單分子測序技術(shù)，這兩種技術(shù)的測序讀長都可以達到幾-kb的級別，遠遠高于二代測序技術(shù)。 二代測序需要分析嗎？蘇州哪里有二代測序檢測

二代和三代測序的區(qū)別？上海嘉安健達二代測序公司

二代測序的建庫步驟①

一、樣本準(zhǔn)備

樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本，如血液、組織、細胞等。例如，在**研究中，可能會采集**組織和對應(yīng)的正常組織。對于血液樣本，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中，以防止血液凝固。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性。如果是新鮮組織，可將其置于液氮中速凍，然后保存在-80℃冰箱中。

核酸提取：從樣本中提取高質(zhì)量的DNA或RNA。對于DNA提取，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相，從而實現(xiàn)分離。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上，經(jīng)過洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA。RNA提取過程中，需要特別注意防止RNA酶的污染，因為RNA酶***存在且很穩(wěn)定，容易降解RNA。一般會使用含有RNA酶抑制劑的試劑，如焦碳酸二乙酯（DEPC）處理水來配制試劑，并且操作過程要在無RNA酶的環(huán)境中進行，如使用無RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法，Trizol試劑可以同時破碎細胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離，然后通過氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA。 上海嘉安健達二代測序公司